衛生調查訓練班(流病班)授課及訓練期間為兩年。每年八月進行一個月的基礎訓練課程,課程包括流行病學、生物統計、現場突發疫情之調查與防治、監測系統的評估、中英文論文寫作等。其餘時間,學員返回其薦送單位任職並展開流行病學實務訓練課程,新進防疫醫師則留在流病班進行實務調查訓練。學員及新進防疫醫師(含前期學員)需每週報告最新疫情的發生及追蹤結果,以及需輪流每月1次的專題研究報告。截至民國113年,已辦理38期學員的訓練,招收學員共計258人,結訓學員131人。二十幾年來,學員共完成逾四百件疫情調查。這些結業學員不僅授予證書外,並可成為各地區突發疫情調查之指導員。
除了基本常規課程外,流病班最重要的訓練是依據「做中學 (learning from doing) 」的原則進行突發流行疫情的現場流行病學調查和研讀學術期刊來發掘現有衛生領域相關的研究課題。
為提升流病訓練品質與國際能見度,本署除每年安排防疫醫師與衛生調查訓練班學員至國際重要研習會(包括TEPHINET全球或區域年會)發表調查成果、不定期邀請國外應用流行病學專家至衛生調查訓練班授課,更於民國96年起陸續選送4名防疫醫師參加美國EIS訓練計畫,以培訓流病調查優秀師資。民國100年起與我國友邦海地合作,代訓海地學員共6名。民國101年並與英國衛生調查訓練班合作,指導英國來台學員完成登革熱監測系統評估計畫。未來將持續推動國際人才交流,並加強與國內相關部門人才訓練合作,為台灣繼續培育流病及疫情調查專業人員。
二十幾年來,學員共完成四百多件疫情調查。近年來重大或突出的調查和研究事件包含:
民國92年:SARS境外移入及院內感染調查
民國93年:新竹縣某安養院桿菌性痢疾群聚案
民國94年:台北縣四所國小通心麵添加過氧化氫致集體食品中毒案
民國95年:宜蘭縣某榮民醫院住民諾羅病毒群聚案
民國96年:北區外籍勞工德國麻疹群聚案
民國97年:台北縣某中學學生連續發生流行性腦脊髓膜炎案、台北市某餐廳顧客生食甲魚致旋毛蟲感染群聚案
民國98年:台灣前100例新型流感重症個案分析、屏東莫拉克風災災民鉤端螺旋體感染群聚案
民國99年:北區食用豆製品致多人肉毒桿菌中毒案、台中市某知名三明治店沙門氏菌食物中毒案、花東地區結核病人直接觀察治療執行成效及其影響因素研究
民國100年:高雄市某烤鴨店沙門氏菌食物中毒案、新竹縣某外送麵店傷寒群聚案、南投縣肉毒桿菌併二氯乙醇中毒四死案
民國101年:台北市及台中市某連鎖餐廳食用生蠔致沙波病毒腸胃炎案、台北市境外移入狂犬病個案調查
民國102年:中區牛型結核病疫情調查案,狂犬病暴露後疫苗接種個案之鼬獾抓咬傷流行病學調查
民國103年:遊韓團諾羅病毒群聚事件、中區麻疹群聚事件、本土A型肝炎群聚案件調查
民國104年:金門縣某餐廳食品中毒事件、某渡假村食品中毒事件、本土A型肝炎群聚案件調查、2015年登革熱死亡個案分析
民國105年:赴馬拉威協助調查及控制霍亂疫情、苗栗縣某農場腹瀉群聚事件
民國106年:桃園某診所C型肝炎群聚事件
民國107年:某航空公司麻疹群聚事件、嘉義某豆奶攤食品中毒案