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WHO於2009年2月證實柬埔寨與泰國邊境出現抗藥性瘧疾,病患花更長的時間併用ACT治療才痊癒,ACT目前治癒率仍有90%以上。也有一些早期證據顯示緬甸與泰國邊境亦出現抗藥性瘧疾。瘧疾流行的國家僅有34%遵守WHO的建議常規監測第一線及第二線抗瘧藥物的效果。