美國研究發現自2003年泰國和柬埔寨邊境出現青蒿素(Artemisinin)抗藥性瘧疾，造成的因素為使用偽藥、未達檢驗標準之劣藥和青蒿素本身非長效型抗瘧藥物等。90年代初於泰柬邊境亦發生對氯奎寧(Chloroquine)產生抗藥性，目前全球大部份流行區對該藥均有抗藥性。

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