94年度由衛生署實施之流感疫苗接種計畫，自9月中旬起，已陸續展開醫護防疫及六個月以上兩歲以下幼兒之接種作業，而全國各縣市衛生所及合約醫院診所，自10月3日起亦全面提供65歲以上老人、機構、罕見疾病患者及禽畜業工作人員等對象接種服務。疾病管制局表示，希望經由該接種計畫之實施，能在12月即將到來的流感流行季前，儘早完成疫苗的接種工作，以達到降低高危險群因罹患流感導致嚴重併發症及住院之機率。
依據衛生署疾病管制局的統計，各縣市醫護、防疫等人員截至9月30日，已接種約20萬人，估計尚有近9萬人未完成接種，由於該類對象均是負責民眾醫療照護及疾病防治的第一線工作人員，疾病管制局亦催促各縣市醫療院所應儘早於十月上旬全數完成注射，俾使該等人員能及時產生保護抗體。另9月26日開打近一週之幼兒接種情形，除台北市、高雄市外，全國通報之接種量約3萬6千名；而老人開打的第一天，目前已回報的15縣市接種量約5萬5千人。
依據地方衛生單位反應，仍有相當多的父母或老人家未接收到應接種的訊息或誤認施打疫苗沒有效。疾病管制局呼籲，94年度使用之疫苗，依據疾病管制局監測及檢驗結果，其中所含A型的新卡連多尼亞及加利福尼亞病毒株都是與台灣近期流行的病毒株相符，疫苗能發揮充分的保護力，而B型流感病毒雖然有兩不同家系的上海株及香港株在國內出現，但疫苗對於其中的上海株仍有預防效果，接種疫苗的效益是顯而易見的。請符於接種條件的民眾掌握接種時效，儘速赴衛生所或合約院所接種；亦請幼兒家長抽空，配合各地醫院的健兒門診、醫院診所的日、夜間門診或週末期間，儘速帶寶寶完成流感疫苗接種。而民眾如有任何疫苗接種相關疑問，亦可洽各縣市衛生局、所諮詢專線詢問或疾病管制局之網站（網址：http://www.cdc.gov.tw）查閱。