只要經醫師確認沒有接種禁忌症（已知對疫苗成分過敏或過去接種曾發生嚴重不良反應），就可以接種流感疫苗；接種疫苗後，偶有出現注射部位疼痛、紅腫，或發燒、頭痛、倦怠、皮膚搔癢、紅疹等輕微反應，通常1-2天內會自然恢復，家長只要多協助觀察並配合醫師的建議處置即可。

流感疫苗是預防流感最有效的方法，數十年的使用歷史已證明其安全性，6個月大以上之幼兒，每年均建議接種流感疫苗。

因6個月以下寶寶尚無疫苗使用效益及安全性等臨床資料，依照疫苗產品仿單非適用對象，故未列於計畫實施對象。

6個月以上至國小入學前幼兒，計畫實施期間以「出生年月日」計算月齡滿6個月以上（月齡計算無寬限期，需滿6個月足月，非以出生後180日計算）至國小註冊就學前之幼兒即可接種。

若國小入學前幼兒年紀符合流感疫苗計畫接種對象，且父母任一方持有我國護照、居留證或具健保身分，或幼兒具健保身分，即符合政府公費疫苗提供對象。

衛生福利部疾病管制署基於防疫考量及維護非本國籍或未具戶籍等收容機構兒童之健康權益，請衛生單位於收到社政、警政、戶政、收容機構或監管單位通知轄區該等個案時，即協同安排各項常規疫苗接種（含流感疫苗），以建立兒童免疫力，保障其與本國籍兒童獲得同等之預防接種保護。108年起衛生福利部為積極掌握該等對象提供必要之醫療照護，其中對於政府部門收容安置或開案輔導中之13歲以下非本國籍兒少，由相關單位造冊通知疾病管制署轉知地方政府衛生局，協助個案完成預防接種。另針對前述以外之無國籍兒童，雖然可接種公費流感疫苗，惟衛生單位無從掌握該等兒童行蹤及疫苗接種狀況，致難適時提供疫苗接種服務。
 

幼兒若是初次接種季節性流感疫苗，應接種2劑，2劑間隔4週以上，倘提前5天（含）以上接種者（即超過4天寬限期，2劑間隔<24天），第2劑應視為無效接種，需自無效之第2劑接種日起算最短間隔進行補種。若過去曾接種過季節性流感疫苗（不論1劑或2劑），今年接種1劑即可。9歲以上則不論過去是否曾接種過季節性流感疫苗，都只須接種1劑。

當年度需接種兩劑流感疫苗者，建議以同一種類（活性減毒或不活化）疫苗完成接種，以獲得最佳保護力。

依據國光公司安定伏裂解型流感疫苗及高端公司福喜健三價流感疫苗之仿單說明，該兩廠牌疫苗適應年齡為3歲以上兒童及成人，故不建議接種於未滿3歲幼兒，另廠商目前並無未滿3歲幼兒接種該疫苗之臨床資料可供解釋或說明其安全性及有效性。如未滿3歲幼兒誤接種該兩廠牌流感疫苗時，由於其疫苗內含抗原劑量與其他流感疫苗一樣，故不必再補接種其他適用疫苗，惟醫療單位均應通知/告知當事人，追蹤個案狀況並向轄區衛生局(所)通報接種異常事件。

公費流感疫苗為單劑型，每劑0.5mL。不論是幼兒還是成人均接種0.5mL劑型，3歲以下幼兒接種劑量無須減半。
如發生接種劑量不足時，應於當日立即補足至個案應接種之劑量，如於隔天或隔天之後補接種，則須補接種完整0.5mL疫苗；如發生接種劑量超出應接種量時，視為完成接種，無須再補接種。
如發生出現接種劑量錯誤時，醫療單位均應通知/告知當事人，並應向轄區衛生局(所)通報接種異常事件。