依據衛生署疾病管制局發布之疫情監測，近二年來，醫院、護理及人口密集機構群聚事件陸續發生，主要原因為院內感染控制介入不足。根據世界衛生組織(WHO) 2006年出版之SARS：How a global epidemic was stopped 一書中指出：由於院內感染措施不足，以致造成SARS期間之重大疫情。
後SARS時代，該局為加強院內感染控制，避免SARS疫情之覆轍，採取以下政策：1.自94年起在全國衛生局及醫院的配合下，對醫院進行傳染病防治與感染控制的全面普查，至今醫院已有明顯進步。2.為加強醫療(事)機構參與院內感染控制，該局與中央全民健康保險局推動「加強感控」實施方案，期能藉此鼓勵醫院重視感染控制工作，健全醫院感染控制之組織與功能，以提升醫院感染控制品質，維護就醫民眾及醫院工作人員之健康。3.執行醫院感染管制分區輔導計畫。4.為加強台灣院內感染控制與國際之接軌，參照WHO公佈之指引訂有多樣指引，並與美國疾病管制中心合作進行之台灣醫院MRSA監測計畫。5.建立台灣院內感染監視資訊系統，以落實院內感染通報。
該局雖致力執行多項政策，以強化院內感染控制，然台灣院內感染控制仍尚具多樣隱憂，像多重抗藥性菌株之出現，醫院及人口密集機構群聚發生，醫院商店街之環境清消與病患管制等，除此之外，SARS殷鑑尚未遠離，國人記憶卻已漸消退，令人堪憂。因此，該局今年針對感染控制之重點，將持續進行醫院感染管制查核作業，並提供醫院感染管制查核成績供健保局及醫院評鑑參考；針對醫院感染管制查核或醫院評鑑不合格之醫院，進行實地輔導促其改善，並對曾爆發群聚之醫療機構，進行列管及重點輔導，必要時，依傳染病防治法予以處罰；及落實感染管制相關指引；為使基層醫護人員及民眾，對感染控制有進一步之認識，成立感染控制訓練數位學習教室，以降低院內感染發生之比率。
時至二十一世紀，院內感染控制有賴全員參與，不論是政府部門、醫療(事)機構或病人及其家屬，皆需齊心同力參與其中，以降低院內感染發生率，提昇醫療品質，減少不必要的醫療支出並保障病人安全。