近來有關新型流行性感冒疫情（禽流感），已在亞洲印尼、越南、泰國等國家造成多起致死病例，此種「高病原性家禽流感」病毒（H5N1）在鳥禽或豬身上產生變異後，極可能轉變成侵犯人類的病毒，台灣雖是候鳥遷徙的中繼站，但台灣仍是禽流感的「清淨區」及「非疫區」，有鑑於過去SARS疫情，對全國社會及醫療體系造成嚴重的傷害，為因應禽流感疫情，避免重蹈SARS之覆轍，因此政府特別重視且積極採取各項防疫措施及相關應變機制。
疾病管制局「感染症防治醫療網」除延續今（94）年運作並加強相關作業外，95年度全國23家防治醫院簽約床數共計527床（負壓373床、一般154床），全院可容納空床數約8,000床；於台北、北、中、南、高高屏、東區亦分別成立「感染症疫情指揮中心」，聘請最優秀醫生擔任第一線指揮官，於疫情發生時，23家感染症防治醫院將啟動，收治各區感染禽流感病毒之患者，以提高感染者治癒率，確保病患就醫權利，醫療體系亦得以正常運作，有效控制疫情蔓延，保全疫情防治中最重要且最後一道防線。
目前我國周邊國家相繼傳出疫情，此威脅對台灣而言，已經有山雨欲來的徵兆，該局對防疫相關準備工作也進入緊鑼密鼓的階段，其中邀請全國各感染症防治醫院院長來參與宣誓承諾記者會，主要的意義是要凝聚政府與防治醫院防疫的共識與決心，各防治醫院本救人天職，對可能爆發之禽流感疫情，將盡全力依法完成準備，強化醫護及其他相關工作人員感染管制能力，並承諾在流感大流行發生前，著重平時準備與演練，完成相關計畫與標準作業程序，接受該局抽查，且承諾當大流行發生時，確實執行收治或轉送病患、配合疫情推派醫療人力、調度防疫物資及配合執行中央發布之政策等。並且以積極態度協助新興傳染病的防治工作，確實通報疑似病例，強化整體應變作戰能力，為全體民眾健康貢獻心力。