為有效遏止禽流感入侵，疾病管制局除於原建置之法定傳染病通報系統外，並開發多元的監測及輔助診斷系統。目前已建置及開發完成之系統，計有下列11項：法定傳染病監視通報系統、新感染症（重症）症候群監視通報系統、症狀監視通報系統、定點醫師監視通報系統、病毒性合約實驗室監視通報系統、學校傳染病監視通報系統、人口密集機構傳染病監視通報系統、院內感染監視通報系統、疾病流行早期即時監測系統、傳染病別診斷輔助系統、民眾自覺性通報系統等。

疾病管制局強調，目前該等系統均已有效運作，以禽流感防治為例，透過監測系統依「有效採檢、檢驗從嚴、快速診斷、快速排除」原則，自今年1月1日起累計至11月10日止，符合新型流行性感冒（禽流感）採檢定義者共計64例，均於最短時間內排除為新型流行性感冒（禽流感）。其中6例為冬季常見之流感，其餘58例均非流感，並曾於通報個案中檢驗出登革熱病例。

疾病管制局再度呼籲，為防範禽流感，各醫療院所臨床醫師務必熟悉「新型流行性感冒病例定義」(http://www.cdc.gov.tw/professional/manualinfo.aspx?nowtreeid=df18cd2233429687&tid=5c3cf022684fc531&treeid=beac9c103df952c4)，於看診時凡符合新型流行性感冒（禽流感）採檢條件者，應儘速採檢通報，並於病患確診前，妥善安置病患，不宜隨意轉院，以避免無謂恐慌。