行政院衛生署疾病管制局自本(2007)年6月15日起，與國際同步實施「國際衛生條例(2005)，簡稱IHR(2005)」，並全面採用新版之「國際預防接種及預防措施證明書」（俗稱黃皮書）、「船舶衛生管制或免予衛生管制證明書」及「海事衛生聲明書」。截至目前為止，該局已順利發出35份「船舶衛生管制或免予衛生管制證明書」及553份黃皮書，配合IHR(2005)相關規範，獨立執行我國「傳染病防治法」及「港埠檢疫規則」。故中國於日前曾聲明，其提交之IHR(2005)適用於「中國全境」，包括台灣、香港及澳門，顯與事實不符。
我國因非世界衛生組織(WHO)會員，過去雖極力爭取成為IHR(2005)之締約國，但在中國無理之打壓下，遲遲未能獲得WHO正面回應。惟為能與國際接軌，共同防範傳染病之發生，該局局長以擔任我國指定之IHR對口單位之身分，自去(2006)年5月迄今，透過信函及電子郵件傳遞方式，數次向WHO表達我國實施IHR(2005)之意願，且提交我國「IHR國家對口單位聯繫資訊」及「10個指定港口或機場名單」，盼WHO將我國納入「IHR國家對口單位」之通訊網絡，並將我國之「指定港口或機場名單」公布在WHO「合格港口或機場名單」之列，但亦皆未獲回應。故該局為避免我國因未被納入IHR(2005)適用範圍，而受到中國不當政治干預或無理打壓情事之發生，進而影響港口檢疫證書之發放作業或國人出國旅遊預防接種證書之認定準則，業成立「IHR實施應變小組」，嚴正以待，以維護國際旅人及靠港船隻之權益。