根據行政院衛生署疾病管制局最新公布的全國結核病人治療結果，台灣八十八年列管的結核病新個案的傳統完治率，僅有百分之七十七。依世界衛生組織的建議，統計結核病個案完治結果除了「完成治療外」，還有一項「完全治癒」的指標，叫做治癒率，以此嚴謹的指標來看，台灣地區八十九年新個案的治癒率，竟低至百分之二十四。

疾病管制局指出，為了確實掌握傳染性結核病患的治療情形，世界衛生組織除了整體結核病患的完治率之外，更針對痰液塗抹片陽性的結核個案設計「治癒率」的指標。嚴格規定這類個案，在治療完成時，至少要有兩次痰塗片陰轉的追蹤結果，且其中一次是在治療結束時的檢查，才能納入計算。

疾病管制局指出，近年來台灣結核個案完成治療的比例雖然都在七成左右，但是高達四成的痰液塗抹片陽性結核個案，雖然完成了治療，但是由於醫師在治療過程中，未能積極為病患驗痰，取得痰陰轉的證據，造成台灣完治率與治癒率差距太大的怪誕現象。

由於痰液塗抹片陽性的結核病患的傳染性最強，對周遭親友的威脅性最大。世界衛生組織才會針對這群病患加強管理，要求一定要有痰陰轉的數據依據。而台灣由於醫師一向過度倚賴胸部Ⅹ光作為肺結核的診斷工具，再加上結核菌檢驗硬體設備不足，才會造成四成痰液塗抹片陽性病患，完治而未治癒的情形。

疾病管制局指出，為了改善一般醫療院所結核菌檢驗設備不足的問題，該局業於去年推出「結核菌代檢網」計畫，方便醫師為病患安排驗痰檢查；同時也與中央健康保險局合作，修訂「結核病例完成治療費」的給付規定，未來痰塗片陽性的結核病患完治時，醫師如未附兩次痰陰性報告，將不能領取完治獎金。希望以多管齊下的方式，解決台灣結核病患驗痰率過低的問題，也呼籲醫師負起社會責任，主動積極為結核病患驗痰，確實掌握病患傳染情形，提高治癒率。