一、亨德拉病毒感染雖非現行法定傳染病，但如發現病人出現疑似症狀且有流行地區旅遊史、動物接觸史等，仍需及早向衛生主管機關報告，以利疫情控制。

二、檢驗：亨德拉病毒之檢驗方法有病毒培養、血清抗體檢驗及分生(RT-PCR)檢驗方法，目前國內採疑似個案之血清、腦脊髓液及咽喉拭子進行分子生物學(RT-PCR)檢驗。

三、隔離：病人優先安排入住單人病室。雖尚無人傳人案例報告，照顧病人時建議採取標準防護、接觸傳染與飛沫傳染防護措施，如穿戴手套、口罩或隔離衣等個人防護裝備。

四、消毒：撲殺感染馬或感染動物的屍體，須在動物防疫主管機關的監督下掩埋或火化。

五、檢疫：禁止農場中感染的馬移動到其他區域。

六、接觸者處理：接觸者若未採取防護措施，建議自主健康管理至最後接觸日後16天。

七、接觸者及感染源調查：查明個案之相關動物（馬、果蝠等）接觸史及其可能之污染物，並找尋可能的病例。

八、治療方法：採支持性療法為主。研究顯示Ribavirin對亨德拉病毒感染有效，但尚未經人體試驗。