世界衛生組織持續發出禽流感疫情的警訊，面對比可能像一般流感那樣快速造成傳播的「新型流行性感冒」，如何捍衛醫療體系，避免92年間由SARS的院內感染造成的醫護人員的傷亡，以及「和平封院」事件引發的社會恐慌，本局自93年開始推動分區輔導計畫，集合醫院感染管制學會以及國內各大醫院的感染控制專家，積極進行持續的教育訓練與查核輔導，並且透過修法的方式在93年8月通過了『醫療（事）機構傳染病感染管制及預防接種查核辦法』，加強對全國醫療機構的查核與輔導機制。
本(94)年度迄今已，本項計畫已完成65場次13,900人次各種醫事人員，因應新型流行性感冒與加強感染控制的相關教育訓練，並且在十月底前完成全國507家醫院感染控制的普查，以及第二階段154家醫院的複查作業，即將於11月1日在高雄長庚醫院（高高屏區醫院感染管制輔導中心），辦理94年全國院感查核年終檢討會暨成果報告，當天除了由各分區計畫主持人進行工作報告，並將邀請五個縣市衛生局進行實地查核的經驗分享，並將有百餘名醫院的代表參與交流討論，凝聚衛生單位與醫療機構落實感染控制的共識。
醫院是提供醫療照護的專業機構，更是保護民眾生命安全與傳染病防治的最後一道防線，為了建立良好的作業規範以及徹底落實感染控制措施，在面對新型流行性感冒病毒的戰役中，政府部門已經結合了各級醫院，做好各項防制措施的規劃和演練，共同捍衛全民的健康。