1. 大部份免疫功能正常的感染者，即使有淋巴病變，也是自癒性的，無需治療，除非其有嚴重或持續性病變出現且顯著器官傷害，否則並不需要特別的抗微生物製劑治療。需要治療的情況，包括：視網膜脈絡a膜炎或明顯的器官傷害者，此時可合併使用pyrimethamine與sulfonamides，最廣為接受的藥物治療方式為pyrimethamine先用2 mg/kg/day（每天分兩次口服）的起始劑量給1至3天，再改成1 mg/kg/day（每天兩次）的維持劑量服用四個星期；同時加上sulfadiazine 100 mg/kg/day（每天分四次口服）至少服用四個星期。因兩者均為抗葉酸藥物，對骨髓會造成抑制作用，所以必需補充folic acid以防止副作用，此外，pyrimethamine與sulfonamides對組織囊體沒有作用，適可解釋為何愛滋病患者，弓形蟲感染率有高度復發的原因。
2. 若感染的病人為免疫功能低下者，如有明顯症狀者，在劑量上通常要高些，且治療時間建議持續至症狀改善後的4-6星期。病人若為人類免疫缺乏病毒感染者，為免復發，則必須合併高效能抗病毒藥物(highly active antiretroviral therapy)和抗微生物製劑治療至少六個月以上，而且患者免疫功能改善，CD4淋巴球數增加到100 cells/μl以上才可以停止抗弓形蟲製劑治療。
3. 對於先天性感染者，不論有無症狀均應予以治療，建議合併sulfadiazine、pyrimethamine和folic acid治療至少1年。
4. 若病人對sulfonamides無法忍受，可以用Clindamycin取代之，即合併使用Clindamycin和pyrimethamine，這是目前治療愛滋病患者感染弓形蟲感染症之第二線藥物。