以腦膜炎為例，首選是Amphotericin B ，最好加上Flucytosine（台灣目前無）。在較低危險群之病患（免疫功能正常，顱內壓小於300 mmH2O，沒有意識障礙，嚴重敗血症，沒有隱球菌菌血症，腦脊髓液或血清之Cryptococcal antigen titer 小於512 倍），可考慮以 Fluconazole 10 mg/kg/day 治療。腦壓須作積極控制，有須要時要每天做腰椎穿刺，或照會神經外科醫師做lumbar drain 或是VP shunt 。當腦脊髓液變成無菌（培養不再長菌，India ink 染色不再見到任何出芽）且一般狀況穩定，一般是治療兩週後，改為Fluconazole 10 mg/kg/day ，全部療程至少10 週，且停藥時應達到下列三項標準：

1. 與感染相關之檢驗數值，如週邊白血球數及C-reactive protein (CRP) 正常，
2. 影像檢查中樞神經系統、肺部等感染病灶消失，
3. 腦脊髓液及血清的Cryptococcal antigen titer 下降4倍以上（最好低於1:128 倍以下）。

病人若持續使用類固醇或其他免疫抑制藥物，需持續口服Fluconazole 400 mg/ day 作維持治療，吃多久視病人免疫情況決定。