1. 多數感染者可自行痊癒，然而，若發展為肺炎，醫師通常會開立抗生素治療，早期的介入治療可加快病人的康復。
2. 因為肺炎黴漿菌沒有細胞壁，許多常見的抗生素，如β-內醯胺類抗生素（beta-lactams），對它無效。
3. 一般建議的首選治療藥物為巨環類抗生素（macrolides），替代性藥物為氟喹諾酮類（fluoroquinolones）抗生素或四環黴素類（tetracyclines）抗生素。然而近來各國研究顯示肺炎黴漿菌對巨環類抗生素的抗藥性有增加的情形，治療的困難度隨之上升，故建議對於疑似感染肺炎黴漿菌之病患如須使用抗生素，請考量其年齡與臨床表徵嚴重度，並參考台灣感染症醫學會與台灣胸腔暨重症加護醫學會共同發行之「台灣肺炎診治指引」及台灣兒童感染症醫學會之「兒童社區肺炎處置建議」等國內臨床指引進行治療。