目前並沒有針對E型肝炎病毒感染的有效藥，治療以支持性療法為主。病人、接觸者及周遭環境處理：

1. 隔離：腸胃道隔離。
2. 接觸者處理：接觸者有疑似症狀，或曾至疫區者應做接觸者採檢。
3. 接觸者及感染源調查：請依急性病毒性A型肝炎、急性病毒性E型肝炎病例調查表進行疫調。
4. 治療方法：目前並沒有針對E型肝炎病毒感染的有效藥，治療以支持性療法為主；尚未證實可利用注射免疫球蛋白（IG）來預防E型肝炎。