民國41年依世界衛生組織專家來臺考察建議，整併當時的「臺灣大學熱帶醫學研究所」及「臺灣省衛生試驗所」為「台灣血清疫苗製造所」，負責血清疫苗的研製供應。經多次組織重整，於77年9月30日與前身為瘧疾研究中心之臺灣省傳染病研究所合併為「行政院衛生署預防醫學研究所」，負責傳染病檢驗及相關研究發展。60年「衛生署」成立，下設「防疫處」，負責傳染病防治政策規劃。另原分布於臺灣本島北、中、南、東及離島專司國際及國內傳染病檢疫工作的10個檢疫所(含2分所)，於78年7月1日合併為「行政院衛生署檢疫總所」。
為使傳染病防治工作事權統一，整合行政院衛生署防疫處、預防醫學研究所及檢疫總所三單位，於88年7月1日成立「行政院衛生署疾病管制局」；90年7月12日再併入原由「行政院衛生署慢性病防治局」執行結核病防治之公共衛生業務，自此全國傳染病之預防、管制、監測及檢驗等業務全數由該局統籌負責。
99年行政院組織法修正通過，啟動行政院及所屬行政機關之組織調整，因此於102年7月23日改為「衛生福利部疾病管制署」迄今。

成果

2021年

• 3月22日起開打COVID-19疫苗。 
• 5月19日因應國內COVID-19疫情，提升全國疫情警戒至第三級。
• 7月27日因應國內COVID-19疫情穩定，調降全國疫情警戒標準至第二級。

2020年

• 1月15日公告「嚴重特殊傳染性肺炎」為第五類法定傳染病。
• 1月20日成立「嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心」。

2019年

• 公費流感疫苗全面轉換為四價流感疫苗。
• 12月31日因應中國大陸武漢發生肺炎疫情，針對自武漢直航入境班機進行登機檢疫。

2018年

• 推動新南向區域疫情聯合防制網絡，成立新南向人員健康服務中心，及肺結核與登革熱防疫技術轉殖中心。
• 公私協力推動Ａ型肝炎疫苗納入幼兒常規接種。

2017年

• 兒童接種新一代日本腦炎疫苗。
• 響應全球，推動我國「90-90-90」愛滋防治目標。

2016年

• 推動我國加入WHO 2035消除結核計畫。
• 流感疫苗接種計畫接種率突破全人口數27%。
• 完成國際衛生條例聯合外部評核(JEE)。

2015年

• 完成7個國際衛生條例(IHR)指定港埠核心能力建置。
• 結合型肺炎鏈球菌疫苗納入幼兒常規接種。

2010年

• 白喉破傷風非細胞性百合核、B型嗜血桿菌及不活化小兒麻痺五合一疫苗納入幼兒常規接種。
• 成立疫苗基金。

2008年

• 推動75歲以上長者接種肺炎鏈球菌多醣體疫苗。
• 與台大醫院合作建置「旅遊醫學教育訓練中心」；委託合約醫院辦理旅遊醫學整合性服務。

1944年～2006年

• 2006年 完成修正「港埠檢疫規則」,並自願提前實施「國際衛生條例(2005)」。
• 2005年 推動愛滋防治減害計畫。
• 2005年 宣示結核病十年減半計畫。
• 2000年 根除小兒麻痺。
• 1998年 推動老人流感疫苗接種計畫。
• 1995年 實施山地鄉A型肝炎預防接種。
• 1984年 推行B型肝炎預防注射。
• 1965年 根除瘧疾。
• 1959年 根除狂犬病。
• 1955年 根除天花。
• 1944年 開始推動預防接種政策。