有多種治療方式可以選擇，包括抗生素與抗毒素。早期診斷炭疽病並依不同感染類型給予適當治療，可有效降低感染後的致死率，藥物選用詳見「炭疽病用藥建議（附件一)」。

1.抗生素
抗生素對於炭疽病之治療與暴露後預防建議，係根據體外試驗結果、藥物敏感度實驗結果、藥物動力學與個案報告制定。由於未治療之炭疽病致死率高，故給予藥物治療之益處遠大於藥物副作用可能之風險。雖炭疽病並非部分建議使用之治療藥物仿單所列之適應症，或用法用量與仿單建議不同，但考量疾病風險，仍建議給予治療。
本工作手冊治療建議係參照美國CDC最新建議（CDC Guidelines for the Prevention and Treatment of Anthrax, 2023），詳細用法用量請參照其附表一至十七。藥物治療原則包括：

1. 需視個案感染皮膚型炭疽、全身型炭疽及是否併發腦膜炎而給予相對應之治療。
2. 應優先使用首選藥物，除非個案有禁忌症或無法取得時，方考慮使用替代藥物。
3. 約有10%炭疽桿菌帶有對penicillin抗藥基因，只有在經藥物敏感性試驗證實個案感染菌株對penicillin敏感時，方可使用penicillin類藥物。
4. 由於吸入炭疽桿菌之孢子後，潛伏期可長達60日，故在給予暴露後預防時，若考量可能有氣膠暴露，療程應持續60日。

2.抗毒素
除抗生素外，也可合併使用抗毒素（antitoxin），美國FDA批准使用於治療的抗毒素有Anthrax immunoglobulin intravenous （AIGIV）、Raxibacumab以及Obiltoxaximab，皆為透過與保護抗原結合從而防止致死毒素與水腫毒素形成，AIGIV可能會導致血栓及血糖檢測異常，Raxibacumab與Obiltoxaximab則可能引起過敏或超敏(hypersensitivity)反應（hypersensitivity reactions）及全身性嚴重過敏（anaphylaxis），故接受任一種抗毒素治療的個案，均應先服用Diphenhydramine。美國CDC建議治療全身性炭疽病除了使用抗生素還應使用抗毒素。目前國內尚未引進上述抗毒素。

3.輔助治療
對於有腦水腫之炭疽性腦膜炎個案，應考慮使用甘露醇（Mannitol）或3%高張性食鹽水，動物研究顯示高張性食鹽水可能有利於治療細菌性腦膜炎腦水腫；另可視臨床病況給予類固醇。針對顱內出血和腫脹的療法，Nimodipine為美國FDA核准用於治療動脈瘤性蜘蛛網膜下腔出血的唯一藥物，可降低不良神經系統預後發生率約40%，可能適用於治療出血性炭疽性腦膜炎，但尚未有動物實驗或人類炭疽個案的數據支持。