常見症狀有發燒、劇烈頭痛、噁心、嘔吐、頸部僵直、畏光及神經學症狀，如精神錯亂（譫妄)，另約有5%~20%的個案，未經腦脊髓膜炎症狀，直接進展至流行性腦脊髓膜炎敗血症，出現瘀斑（purpura）、休克、急性腎上腺出血及多重器官衰竭等。1歲以下的嬰兒的臨床症狀不典型也不容易察覺，常只有發燒、嘔吐，還可能會出現躁動不安、哭叫、不易餵食、張力低下等症狀，另有囟門突出的情形，但頸部不一定會僵直。

會常以急性嚴重之併發症狀出現，如腦膜炎、菌血症及敗血症等，並容易造成後遺症。

持續性補體缺損、脾臟功能缺損、人類免疫缺乏病毒感染者為感染流行性腦脊髓膜炎的高危險族群。

主要是因為直接接觸感染者的喉嚨和鼻腔分泌物，也可經飛沫傳染，甚至是經由接觸無症狀的帶菌者而被感染，不過腦膜炎雙球菌通常須透過親密（咳嗽或親吻）或長時間接觸才能有效傳播。

欲前往流行性腦脊髓膜炎高風險地區，建議於出國10天前先行接種流行性腦脊髓膜炎疫苗，依部分國外學校規定，留學生就學前須檢附流行性腦脊髓膜炎疫苗之接種證明。

主要就是維持良好的個人及環境衛生，並改善居住和工作環境的擁擠度，如軍營、學校。病患與照顧者應妥善處理口鼻分泌物，並於處理後立即洗手，如果有需要前往流行地區可依醫師評估接種疫苗。

如出現發燒、劇烈頭痛、噁心、嘔吐、頸部僵直、畏光及神經學症狀，像比如說精神錯亂或瘀斑、休克、急性腎上腺出血及多重器官衰竭等流行性腦脊髓膜炎症狀，應立即就醫，並告知醫師旅遊史。

病人應持續呼吸道隔離至抗生素開始治療後24小時。